科學的發展除受到社會、政治、經濟等外部環境因素影響外,其自身內部還存在著相對立的矛盾運動。這種矛盾是科學發展的內在根據,是科學發展的內在動力。科學理論和科學實驗的矛盾是科學發展的內在動力,中醫學理論體系在其發展過程中,隨著社會實踐特別是醫療實踐的發展,《黃帝內經》所構建的理論體系有的已無法解釋新的事實,出現了原有的科學理論與新的科學事實的矛盾?在社會需要的推動下,中醫學理論體系內部不斷地發生分化與綜合,于是新的理論學派和新的分支學科應運而生。中醫學理論體系就是在理論與實踐、分化與綜合、傳統與創新的對立統一運動中,不斷地向前發展著。
中醫理論體系的發展,是隨著中國社會文化科學技術的發展,通過歷代醫家和人民群眾在長期與疾病斗爭的實踐中,運用相應歷史時期的先進文化科學技術成就,不斷地完善、提高而發展的。因此,中醫學理論體系的發展反映了相應歷史時期的文化科學技術水平。