哲學是關于世界最一般的運動規律的科學。任何一門科學的形成和發展都離不開哲學。在哲學與自然科學尚未徹底分開的古代尤為如此。中醫學吸取了漢代以前的哲學成果，直接地大量地引用氣、陰陽、五行、形神、天人關系等重要的哲學概念和學說，去闡明醫學中的問題，使之成為中醫學的重要概念和理論，把哲學理論與醫學理論熔鑄成為一個不可分割的有機整體，體現出中國古代東方的特殊思維方式。中國古代哲學為中醫學理論的形成和發展奠定了世界觀和方法論基礎，而中醫學理論的形成和發展又豐富和發展了中國古代哲學。中國古代哲學與中醫學相輔相成，相得益彰。
氣一元論：“氣”在中國哲學史上是一個很重要的范疇，在中醫學的學術思想中占有特別重要的地位，是中醫學的哲學和醫學理論的基石。氣是物質實體，是構成宇宙天地以及天地萬物的最基本元素，具有運動的屬性。氣的運動是氣內部的相互作用，是事物發展變化的源泉，氣和形以及兩者的相互轉化是物質世界存在和運動的基本形式。
陰陽學說：陰陽學說是在“氣”的基礎上建立起來的，與氣一元論緊密地結合在一起，是中國古代樸素的對立統一理論。陰陽是標示事物狀態特征的范疇，一是代表兩種對立的特定屬性，二是代表兩種對立的特定的運動趨向或狀態。陰陽是宇宙的總規律。但是陰阻范疇不僅具有對立統一的屬性，而且還具有另外一些特殊的質的規定，與現代辯證法的矛盾范疇。
五行學說：五行學說是中國古代樸素的普通系統論。中醫學運用五行學說，從系統的整體觀點觀察事物，認為任何一個（類）事物的內部都包含著具有木、火、土、金、水五種功能屬性的成分或因素，并且木、火、土、金、水這五個方面按照一定規律相互聯系，形成這一事物的整體功能結構。五行結構系統，通過與反饋機制相似的生勝乘侮關系，保持系統的穩定性和動態平衡，從而論證了人體局部與局部、局部與整體之間的有機聯系，以及人與環境的統一，即人體是一個統一整體的整體觀念。五行學說的樸素的系統觀念是現代系統理論的原始形態，在最一般的原則上與現代系統論相一致。但五行學說是一種樸素的系統理論，不可能像現代系統論那樣更科學地闡明所有系統結構的一般關系和一般規律。
