“味甘微寒，主身體五臟百病，養精神，安魂魄，益氣，明目，殺精魅邪惡鬼。久服通神明，不老。能化為汞。”（《本經》）
昔日陳修園以《本經》所論朱砂主身體五臟百病者，謂其平和無毒之藥，臨證用之無所顧忌，略有所誤也。其實朱砂有毒，服后排泄最緩，長期服用，最易蓄積中毒，或稱慢毒，損及肝、腎、大腦、血液系統。至于朱砂見火則析出水銀大毒，立可殺人也，不可不知，不可不慎也。《本經》謂其能化為汞，實警示之辭也。
朱砂宜配伍運用，同遠志、龍骨之類則養心氣；同當歸、丹參之類則養心血；同枸杞、地黃之類則養腎；同厚樸、川椒之類則養脾；同南星、川烏之類則祛風；同牛黃、黃連之類則醒腦解毒，豁痰開竅；同神曲、磁石之類則明目；以朱砂加十五倍量之芒硝共研極細末，時時吹入喉中，治咽喉腫痛每有良效。惟朱砂獨用多用，輕則令人呆悶，重則為害更烈。
朱砂可以養精神，實能安魂魄也。《蘭室秘藏》安神丸治心神煩亂，心悸怔忡，胸中懊惱；《本事方》珍珠母丸治陰血不足，夜寐不寧，面色少華；《千金方》磁朱丸治心悸失眠，耳鳴耳聾，視物昏花。
《本經》又言主精魅邪惡鬼者，乃撲朔迷離，神秘莫測，難以捉摸之怪異病患。今之精神分裂癥當屬此類，其衣被不斂，羞恥不知，穢潔不分，?詈不休，言語善惡不避親疏，少臥不饑；或自高賢也，自辯智也，自尊貴也；或歌或笑，或悲或泣；妄想叢生，傷人自殺，能言平生未見聞事，能見五色神鬼，種種怪異難以盡述。又有癲癇病者，猝然仆地嚎叫，聲高音尖，或如馬嘶，或如羊叫，或如雞鳴，或如豬哼，或如牛吼，應乎五畜，瞬息不省人事，兩目上視，手足抽搐，牙關緊閉，面色口唇青紫，口中溢出大量白色涎沫，移時清醒一切無所知，此類病患古人以為精魅邪祟、惡鬼一類，當屬自然。其實至今病因亦未明。朱砂鎮靜魂魄，重墜清火而安定之，于癲狂、癇證實系必用之藥。
貴州袁家璣氏有靈犀通圣散，用朱砂、犀角、苦參、牙皂、大黃、竹瀝、雷丸等；李彥師氏有牛黃清宮湯，用朱砂、牛黃、膽星、天竺黃、生鐵落、寒水石、黃連等，均治痰火入心，狂亂叫罵之精神分裂癥；段仲隆氏有痰厥丸，藥用朱砂、膽星、白附片、川烏、生半夏、郁金、芒硝、牛膽汁等，治中風痰厥，癲癇昏仆，口噤難開。三方藥力精專，炮制精細，均有較好臨床效果。
朱砂涼或大寒，體重性急，善行善降，能清熱解毒、開竅醒腦，最是溫病神昏良藥。如萬氏牛黃清心丸，以朱砂、牛黃、黃連、山梔、郁金共為細末，臘雪水調糊如黍米；《溫病條辨》安宮牛黃丸更以上方增犀角、雄黃、梅片、麝香、珍珠共為極細末，煉老蜜為丸；《局方》之至寶丹、紫雪丹皆用朱砂與大寒清熱，劫痰解毒類藥，治中暑、中惡、中風、邪陷心包、壯熱煩躁、昏狂譫語、口渴唇焦、尿赤便閉、痙厥抽風及小兒熱甚驚癇等證，今用于多種腦部炎性感染，如乙腦、流腦、蛛網膜下腔出血、幼兒中毒肺炎、高熱驚厥等急危重癥及腦溢血、精神分裂癥之屬痰熱心肝火盛者，具有重要作用，于中醫方劑學中占有極重要地位。
朱砂又能通血脈、破?瘕、引產下胎。先父玉書公有催生方：泡參120克，制乳沒各12克，飛朱砂3克，水煎藥汁送服朱砂，一劑臨產子宮收縮，宮口開啟時熱飲。大補元氣而宣導下行，安神定志，產婦熱服之，精神得以持續振作，元氣飽滿，瘀滯開行，精神鎮靜，能承接產婦本來下行之氣機，自能平安生產，曾挽救諸多難產、滯產母子性命，也可避免不必要之剖宮產術也。
朱砂清心明目，解毒殺蟲，祛痰涎而益脾胃。又有雞肝散：夜明砂（反復淘洗漂去泥土雜質）45克，朱砂3.5克。研細末，用新鮮雞肝1具竹刀剖開，以上藥末3克摻入雞肝內，青菜葉包好，置炭火或煤火上烤熟，趁熱有香氣食之。乃治療幼兒疳積之專用方，每覺精妙，療效很好。有幼兒長期消化失調，腹瀉不食致角膜軟化，雙目失明者，服后逐漸康復，雙目視力也趨正常。此方既能調中化食，行滯破積，消散血痹，故能推陳致新，慢性肝硬化腹水者，常服之可以通利三焦，體質漸胖壯，全身情況明顯改善。
