經別的生理功能，十二經別之中的六陽經，都要行過與其相表里的臟腑，如“足少陽之別散于肝”，“足陽明之別散于脾”，“足太陽之別散于腎”。六陰經經別也都行過本臟。這不僅說明了十二經別都和臟腑相聯屬，在機體內部起著濡養臟腑的作用，而且突出了陰陽兩經互為表里的配偶關系。其分布與相互的關系比四肢由絡脈來溝通表里組織更為縝密。
十二經別輔助了十二經脈對內臟和體表的聯系，體現了手足三陰三陽在表里關系上的“離、合、出、人”和相互灌注，同十二正經、十五絡脈、奇經八脈等，構成了運行氣血循環體系。因為每一經脈均有其自己的經別，所以某一經腧穴主治的范圍并不僅僅局限在經脈的循行部位上，這也就具體地說明了經別的作用。
十二經別在《內經》中均無病候的記載。但經別對部分腧穴主治性能有很大的影響，各經經穴所能主治的癥候，其發病部位有一些并非經脈所能達到，而是經別到達之處，取該經腧穴進行治療，往往能獲得顯著的療效。如足太陽膀胱經的承山、承筋、合陽等穴，都能治療痔疾，但是膀胱經的循行通路并不到達肛門，而經別的循行則是“下尻五寸，別人于肛”。
