三焦的生理功能，通行元氣：元氣（又名原氣）是人體最根本的氣，根源于腎，由先天之精所化，賴后天之精以養，為人體臟腑陰陽之本，生命活動的原動力。元氣通過三焦而輸布到五臟六腑，充沛于全身，以激發、推動各個臟腑組織的功能活動。所以說，三焦是元氣運行的通道。氣化運動是生命的基本特征。三焦能夠通行元氣，元氣為臟腑氣化活動的動力。因此，三焦通行元氣的功能，關系到整個人體的氣化作用。故曰：“三焦者，人之三元之氣也，……總領五臟六腑營衛經絡，內外上下左右之氣也。三焦通，則內外上下皆通也。其于周身灌體，和調內外，營左養右，導上宣下，莫大于此者也”（《中藏經》）。
疏通水道：“三焦者，決瀆之官，水道出焉”（《素問·靈蘭秘典論》）。三焦能“通調水道”（《醫學三字經》），調控體內整個水液代謝過程，在水液代謝過程中起著重要作用。人體水液代謝是由多個臟腑參與，共同完成的一個復雜生理過程。其中，上焦之肺，為水之上源，以宣發肅降而通調水道；中焦之脾胃，運化并輸布津液于肺；下焦之腎、膀胱，蒸騰氣化，使水液上歸于脾肺，再參與體內代謝，下形成尿液排出體外。三焦為水液的生成敷布、升降出入的道路。三焦氣治，則脈絡通而水道利。三焦在水液代謝過程中的協調平衡作用，稱之為“三焦氣化”。三焦通行水液的功能，實際上是對肺、脾、腎等臟腑參與水液代謝功能的總括。
運行水谷：“三焦者，水谷之道”（《難經·三十一難》）。三焦具有運行水谷，協助輸布精微，排泄廢物的作用。其中，“上焦開發，宣五谷味，熏膚，充肌，澤毛”（《靈樞·決氣》），有輸布精微之功；中焦“泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脈”（《靈樞·營衛生會》），有消化吸收和轉輸之用；下焦則“成糟粕而俱下人大腸，循下焦而滲入膀胱”（《靈樞·營衛生會》），有排泄糞便和尿液的作用。三焦運化水谷協助消化吸收的功能，是對脾胃、肝腎、心肺、大小腸等臟腑完成水谷消化吸收與排泄的功能的概括。
