在辨證論治中，必須掌握病與證的關系，既要辨病，又要辨證，而辨證更重于辨病。證是疾病不同階段、不同病理變化的反映。因此，在疾病發展過程中，可出現不同的證候，要根據不同證候進行治療。如溫病的衛分證、氣分證、營分證、血分證，就是溫病過程中四個不同階段的病理反映，應分別治以解表、清氣、清營、涼血等法。同病可以異證，異病又可以同證。
如同為黃疸病，有的表現為濕熱證，治當清熱利濕；有的表現為寒濕證，又宜溫化寒濕，這就是所謂同病異治。再如，不同的疾病，在其發展過程中，由于出現了性質相同的證，因而可采用同一方法治療，這就是異病同治。如，久痢、脫肛、子宮下垂等，是不同的病，但如果均表現為中氣下陷證，就都可以用升提中氣的方法治療。由此可見，中醫治病主要的不是著眼于“病”的異同，而是著眼于“證”的區別。相同的證，用基本相同的治法；不同的證，用基本不同的治法。
即所謂“證同治亦同，證異治亦異”。這種針對疾病發展過程中不同質的矛盾用不同方法去解決的原則，就是辨證論治的精神實質。中國古代的科學思維主要是直觀綜合的思維方式。觀察是中國傳統思維的起點，由現象以辨物是其重要觀察方式。而這種現象是建立在感覺器官基礎之上的觀察。事物的現象是宏觀與微觀的統一，隨著科學技術的進步，人們的觀察已從宏觀世界進入到微觀世界，既立足于感官的觀察，又借助于科學儀器，延伸感官的直覺觀察，以彌補其不足。中醫學在辨證過程中所取得的四診資料，是靠感官直接觀察而獲得的，人們感覺器官直接觀察的局限性決定了望、聞、問、切四診資料的局限性。因此，辨證既要基于感官直接觀察，從宏觀、整體上把握疾病的現象，又要不囿于感官的直接觀察，而應用各種科學方法和手段去獲取感官直接觀察難以取得的資料，使觀察更科學、更全面，把辨證的水平提高到一個新的高度，這也是中醫學現代化的一項重要任務。
