氣一元論與陰陽五行學說相比較，更具“本體論”性質，旨在說明天地萬物的物質統一性，人之生死，全在乎氣。陰陽五行學說更具方法論特征。
陰陽學說和五行學說相比較，陰陽學說旨在說明一切生命現象都包含著陰陽兩個矛盾方面。就人體而言，“人生有形，不離陰陽”，“生之本，本于陰陽”，“陰陽者，一分為二也”，從而揭示了生命運動的動因、源泉和最一般最普遍的聯系和形式。而五行學說則具體地說明了人體臟腑經絡的結構關系及其調節方式，即人體整體動態平衡的特殊規律。所以，中醫學言臟腑必及陰陽而寓五行，論臟腑的生克制化又必賅陰陽。健康的本質是機體內部，以及機體與外界環境的動態平衡，而平衡的破壞則導致疾病。調節陰陽，以求得機體整體平衡是中醫治療疾病的根本原則，所謂“治病必求其本”，“本者，本于陰陽也”。而五行相生相勝的多路調節則是調節陰陽的具體化。
陰陽言氣的矛盾對立，五行說明氣有生克，兩者相互滲透，相互包涵，“舉陰陽則賅五行，陰陽各具五行也；舉五行即賅陰陽，五行各具陰陽也”。“五行，即陰陽之質；陰陽，即五行之氣。氣非質不立，質非氣不行。行也者，所以引陰陽之氣也”（《類經圖翼·運氣》）。氣化流行，生生不息。氣化是一個自然過程，氣運動變化的根本原因，在于其自身內部的陰陽五行的矛盾運動。陰陽有動靜，五行有生克，于是形成了氣的運動變化。
總之，中醫學按著氣——陰陽——五行的邏輯結構，從氣——陰陽——五行的矛盾運動，闡述了生命運動的基本規律，構筑了中醫學的理論體系。
氣一元論、陰陽學說和五行學說是中國古代樸素的自然觀和方法論。中醫學在哲學與自然科學尚未徹底分開的古代，把當時先進的氣一元論、陰陽學說和五行學說與醫學理論熔鑄成一個不可分割的整體。’用哲學概念說明醫學中的問題，同時又在醫學理論的基礎上，豐富和發展了哲學思想。哲學幫助了醫學，，醫學豐富了哲學，相輔相成，相得益彰。但是，在氣一元論、陰陽學說和五行學說基礎上的中醫學理論也不可能從根本上超出樸素直觀的水平。
因此，我們應當站在現代最先進的認識水平，從現代科學和哲學的最新成就中去尋找與中醫學有聯系的東西，從中發現可以使中醫學迅速走向現代化的最適合的方法與工具，讓中醫學在現代開出更鮮艷的花朵，結出更豐碩的果實。
