臨床主要用于治療慢性前列腺炎、慢性盆腔炎、慢性肛竇炎、潰瘍性結腸炎、濕疹等病癥。

1.慢性前列腺炎：以薏苡附子敗醬散合桂枝茯苓丸加減治療120例，與翁瀝通膠囊治療60例對照，療程為8周。以治療前后癥狀積分為評價指標。結果：總有效率治療組88.34%，對照組70.00%。(《四川中醫》2007年第10期)

2.慢性盆腔炎：90例患者隨機分為治療組52例和對照組38例，對照組予常規抗炎治療，治療組在對照組的治療基礎上予薏苡附子敗醬散加減煎服，療程為2周。以下腹疼痛及腰骶酸脹疼痛等癥狀，婦科及理化檢查為評價指標。結果：治療組治愈9例，顯效27例，對照組治愈3例，顯效16例，治療組治療3、6個月后復發率均低于對照組，差異均具有統計學意義。(《中醫藥導報》2013年第1期)

3.慢性肛竇炎：120例患者隨機分成兩組，研究組62例采用內服薏苡附子敗醬散及外用太寧栓治療，對照組58例采用甲硝唑靜滴及外用太寧栓。療程為1周。以臨床癥狀的改善程度為評價指標。結果：研究組有效率為96.80%，對照組為84.5%，差異有統計學意義。(《中國中西醫結合外科雜志》2010年第1期)

4.潰瘍性結腸炎：72例患者隨機分為兩組，治療組36例予薏苡附子敗醬散加味治療，對照組36例用柳氮磺胺吡啶片治療。療程為2個月。以臨床癥狀、糞常規、腸鏡為療效評價指標。結果：治療組顯效10例，好轉18例，無效8例，總有效率77.78%；對照組顯效8例，好轉12例，無效16例，總有效率55.56%，差異具有統計學意義。(《河北中醫》2005年第3期)

5.濕疹：56例患者均予本方加連翹、牡丹皮、生地黃、當歸治療，以紅斑、丘疹、滲出、瘙癢等癥狀為評價指標。結果：痊愈37例，顯效10例，有效5例，無效4例，總有效率92.8%。(《中醫藥導報》2011年第9期)