北京協和醫院呼吸內科是由我國已故著名呼吸病學專家——朱貴卿教授創建的、具有悠久歷史的學科專業。作為我國最早成立的呼吸科專業科室之一，北京協和醫院呼吸內科是我國一流的呼吸科學臨床和研究中心及呼吸疑難病診治中心，擁有眾多的我國呼吸專業的老前輩或知名教授。曾在或正在這里執教和工作的既有榮獲“中國呼吸醫師終身成就獎” 的羅慰慈教授和朱元玨教授，亦有榮獲“中國呼吸醫師獎” 的黃席珍教授、李龍蕓教授、蔡柏薔和陸慰萱教授，還有榮獲“中華醫學會呼吸分會杰出貢獻獎”的林耀廣教授等人。
協和呼吸科目前包括11個分組，分別為慢性阻塞性肺疾病組、睡眠呼吸障礙組、間質性肺病組、肺癌中心、肺栓塞與肺血管疾病組、哮喘組、危重癥醫學組、感染組、介入組、呼吸治療組和控煙組。呼吸科目前在職醫生共有33人，包括主任醫師10人，副主任醫師10人和主治醫師13人。徐作軍教授領導的多科協助診治的間質性肺病組，王孟昭和張力教授領導的多科協助的肺癌診治中心、肖毅教授領導的呼吸睡眠中心，以及施舉紅和徐凱峰教授領導的肺血管疾病組具有完整的團隊構成，也是科室目前的特色。
每年一度的“北京協和呼吸病學峰會”至今已舉辦12屆，深受全國呼吸同道的喜歡。呼吸科還每年舉辦《北京協和醫院呼吸病學峰會學習班》、《呼吸系統疑難病暨彌漫性間質性肺病研討會》、《帥府園論壇呼吸疾病進展與規范化治療精品學習班》和《胸部惡性腫瘤診治新思考學習班》等多種學習班，以促進呼吸學科的推廣和發展。
