北醫三院消化科，作為第一批國家臨床重點專科，成立于1958年北醫三院建院之初。其前身為內科消化組，在幾代人的不懈努力下，發展為集門診、病房、胃腸造影室、胃腸動力室、病理實驗室、內鏡室為一體的北京大學消化疾病研究中心。
1958年建科之始，鄭芝田教授從北大一院調至北醫三院創建內科教研室并擔任內科主任，帶領消化科開展胃鏡、診斷性腹腔鏡、肝穿刺等檢查，使得我科成為當時國內開展消化內鏡檢查技術最早的單位之一，多位知名專家都曾來我科學習。我科內鏡的使用過程見證了我國消化內鏡技術的發展，從最早的硬式內鏡，半可屈式胃鏡，纖維胃鏡，到電子內鏡，電子色素內鏡，放大內鏡，藍激光內鏡。每一次技術的進步、每一項成功的跨越都凝聚了前輩們無數日夜和心血。
1984年9月經北醫及北醫三院領導批準，消化科從內科分離出來成立獨立的北醫三院消化科，李益農教授任科主任。1985 年在衛生部及北醫領導支持下，消化科建成面積 300m2 的臨床實驗基地。整個建筑分為兩層，一層為內鏡室，引進先進的診療設備，包括電子內鏡、超聲內鏡、超聲腹腔鏡等；二層為實驗室，包括病理生理室、生化室、細胞室等。消化科研究基地的建立在當時國內尚屬少見，為消化科的發展奠定了基礎。
1985年5月經北醫批準成立了北京醫科大學消化疾病研究中心，標志著消化科已形成一個包括獨立門診、急診、病房、內鏡室、實驗室、 X-線檢查室在內的完整、獨立的醫教研體系，為學科的快速向前發展提供了有利的條件。李益農教授全力輔助鄭芝田教授，在消化疾病中心的建立和發展中做了大量工作。
2006年，內鏡室建筑面積增至600余平方米。2007年在富士能公司投資基礎上，消化科成立內鏡培訓中心，成為全國消化醫師正規內鏡培訓基地。 2016年底，成為國家首批 ERCP 培訓基地。目前內鏡室擁有以下先進設備：電子內鏡主機，Doppler 電子超聲胃鏡（環掃、扇掃、小探頭），膠囊內鏡，電子雙氣囊小腸鏡，新型電子結腸鏡，新型電子十二指腸鏡，內鏡超聲微探頭，超細經鼻胃鏡，電子放大內鏡+FICE 系統，內鏡藍激光影像診斷系統。消化科病理室擁有 Nikon80i 顯微鏡，Nikon SMZ1500 實體顯微鏡等。消化科胃腸造影室則擁有東芝數字胃腸 X 光機這樣的先進設備。
2012年科室床位由原先的31張增加到39張，2014年增加為兩個病房，共 60張床位。2012年啟用新的內鏡中心。多年來北醫三院消化科開創了國內多項內鏡的第一:1974年率先開展 ERCP技術，1982年率先開展放大內鏡和單人結腸鏡檢查，1985年率先開展超聲內鏡，1991 年率先開展早期胃癌內鏡下治療技術，1995年率先進行經皮內鏡下胃造瘺技術，這些先進的技術和設備為臨床病人的診治解決了很多疑難問題。2009年成為國家臨床重點專科。發展先進內鏡技術的同時，消化科同期先后建立了胃腸造影室、消化病理實驗室。1978 年包括消化病理室在內的北醫三院消化疾病研究室創立，而葉嗣懋教授在消化病理室的建立過程中做出了重要貢獻。1980年林三仁教授將日本的氣鋇雙重對比造影技術引入我科，為早期胃癌的發現提供了有力手段，成為國內第一家開展氣鋇雙重對比造影技術的科室，這項技術的先進性一直保持至今，尤其是小腸氣鋇雙重對比造影技術，目前仍有大量外地和北京多家知名醫院轉診病人至我院。鄭芝田教授自建院之初即籌建消化病理室，開展了壁細胞抗體、甲胎蛋白檢查等當時國內先進的實驗室檢查技術，將胃黏膜活檢與胃鏡檢查所見相結合是國內首創，為臨床患者帶來了福音。
80 年代初期，我科即形成了以亞專業組為導向，帶動科室整體發展為目標的科室發展宗旨，建立了上消化道組、大腸組、小腸組、肝病組、胃腸造影組和病理實驗組。之后相繼建立了胃腸動力組和膽胰疾病組。先進的管理理念、卓越的學術成就吸引了國內同行前來進修學習，1981年即舉辦了第一屆全國消化進修班，之后每年舉辦學習班，為全國不同單位培訓了大批進修醫師。取得的成績得到國際同行的幫助和認可，日本已故著名內鏡專家竹本忠良教授、白壁彥夫教授在上世紀八九十年代曾多次來我院講授和演示日本內鏡及胃腸造影的新進展。
上消化道組以解決臨床實際問題為導向，以臨床科研為手段，在發展臨床技術的同時，開展了多項國內外領先和先進的臨床科學研究，并取得了驕人成績。20 世紀70年代，我科鄭芝田教授首先發現痢特靈治療消化性潰瘍病成功，開創了抗生素治療潰瘍病的先例，獲得了 1988 年北京市科技進步二等獎，1989 年衛生部科技進步三等獎。1986年起，消化科林三仁教授負責的“胃癌早期診斷新方法的研究”連續獲得國家七五、八五攻關課題。開創了適合我國國情的胃癌序貫篩查法，該成果榮獲 1991 年衛生部科技進步三等獎及 1992 年光華科技基金三等獎。1996年林三仁教授及周麗雅教授在山東胃癌高發區開展了幽門螺桿菌與胃癌關系的10年隨訪研究，對明確幽門螺桿菌和胃癌的關系做出了中國的貢獻。2006 年開始周麗雅教授連續承擔國家十一五、十二五科技支撐計劃課題，針對幽門螺桿菌的診斷和治療取得了突破進展。該成果榮獲 2014 年教育部科技進步二等獎，2015 年中華醫學科技進步二等獎。丁士剛教授在北京市自然科學基金-海原始創新聯合基金支持下開發了一種光場3D共聚焦內鏡用于早期食道癌及胃癌的診斷，在科技部國家重點研發計劃支持下，開展了高清電子內鏡的臨床應用效果驗證以及基于納米分子影像探針的腫瘤介入與療效評價研究。2015 年消化科獲批幽門螺桿菌感染及上胃腸疾病診治研究北京市重點實驗室。
我科林三仁教授于1974年4月26日在國內領先開展內鏡逆行胰膽管造影（ERCP）技術。1993年始開展治療性 ERCP 技術，乳頭括約肌切開（EST）取石，2004年黃永輝教授引入我科后，正式成立膽胰疾病組。除了開展膽管結石取石術、肝外膽管良惡性狹窄支架置入術、胰管支架置入術等常規 ERCP 診斷和治療技術外，膽胰疾病組自成立至今，開展了多項創新性的臨床科研研究，開發了多項國內先進的新技術，并獲得多項國家實用新型專利，部分專利已進入臨床轉化階段。膽胰疾病組成員承擔及參加多項國家和省部級課題，包括國家科技支撐計劃課題、國家自然科學基金、國家重點研發計劃“重大慢性非傳染性疾病防控研究”、北京市首都特色計劃課題等多項臨床科研項目。
胃腸動力學組在近 20年的發展過程中，逐漸形成了系統的研究方向。重點包括功能性胃腸病（腸易激綜合征、功能性消化不良、功能性食管病、功能性便秘和膽道功能障礙等）的臨床和基礎，特別是功能性胃腸病與精神障礙共病的研究、胃食管反流病的臨床診療和發病機制研究、腸道微生態與腦-腸軸功能的研究等；并構建了胃腸道動力相關疾病多學科合作診療平臺。動力組承擔、參與和完成了多項國家及省部級課題，包括國家自然科學基金、科技部 863 項目、十二五科技支撐計劃課題、教育部博士點基金、北京市自然科學基金等。
大腸組具有較強的整體實力，對大腸常見疾病及疑難疾病的診治水平居國內前列。先后承擔并參與了國家自然科學基金、科技部 863 項目、衛生部科學研究基金、衛生行業科研專項基金、高等學校博士學科點專項科研基金、北京市自然科學基金、北京市科委年度科技計劃項目、北京大學第三醫院臨床重點項目、歸國人員科研啟動基金、青年基金等資助的研究二十余項，專業組成員多次應邀在國內外重要會議上以大會發言或壁報形式展示研究成果。
另外還有肝臟疾病專業組、小腸疾病專業組也在不斷發展壯大。
在現任主任丁士剛教授的帶領下，消化科繼續快速發展，逐漸發展為以本部為中心，機場院區及北方院區為兩翼的消化疾病疑難危重癥診治中心、腸病中心、膽胰疾病及日間病房中心。建立食管、胃和大腸早期癌及癌前病變診治網絡，完善上消化道出血綠色通道及診治流程，建立膽胰及動力疑難疾病診治中心，建立胃腸道癌及癌前病變、HP相關疾病的臨床科研及基礎研究中心，消化科積極發揮全國消化內鏡培訓基地等優勢，為打造國際一流的消化疾病診斷與研究中心而努力奮斗！
